Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.
Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.
Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie Nadleśnictwa Suwałki wyznaczono 9 obszarów Natura 2000:

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 - PLB200002 „Puszcza Augustowska"
Obszar obejmuje zwarty kompleks Puszczy Augustowskiej o powierzchni 134 378 ha. W skład obszaru wchodzi blisko 5 300 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. Zdecydowaną większość obszaru pokrywają lasy iglaste, z dobrze zachowanymi borami wilgotnymi i borami bagiennymi. Występują tu również grądy i olsy. Jest to ostoja ptaków, w której odnotowano występowanie 40 gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200001 „Jeleniewo"
Obszar zajmuje 5 910 ha, w skład którego wchodzi 92 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. Utworzenie obszaru Natura 2000 miało na celu ochronę największej w Polsce kolonii lęgowej nietoperza nocka łydkowłosego (Myotis dasycneme), wraz z obszarem jego żerowisk. Kolonia lęgowa mieszcząca się na strychu XIX-wiecznego kościoła w Jeleniewie liczy około 400-500 szt. samic.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200003 „Ostoja Suwalska"
Obszar pokrywa się z powierzchnią Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Niezwykle urozmaicony teren o powierzchni 6 350 ha, leży w całości w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Suwałki. W skład obszaru wchodzi 919 ha gruntów nadleśnictwa. W jego granicach znalazło się kilkadziesiąt jezior, wśród nich najgłębsze jezioro w Polsce – Hańcza. Większość terenu ostoi stanowią tereny otwarte polne i łąkowe, które są przeplecione niedużymi kompleksami leśnymi, bagiennymi, jeziorami i rzekami.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200004 „Ostoja Wigierska"
Obszar ten zajmuje powierzchnię 16 072 ha, w tym zaledwie 3,54 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. W jego skład włączono jezioro Wigry wraz z otaczającymi je terenami leśnymi, rolnymi, fragmentem doliny rzeki Czarnej Hańczy oraz innymi jeziorami. Na obszarze stwierdzono m.in. 19 siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Siedliskowej.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200005 „Ostoja Augustowska".
Ostoja o powierzchni  107 069 ha obejmuje swym zasięgiem prawie całą polską część Puszczy Augustowskiej. W skład obszaru wchodzi  5 291 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki.  Oprócz bagiennych lasów szczególną wartość dla UE przedstawiają występujące tu różnego typu torfowiska. Warto zauważyć, że na terenie ostoi znajduje się jedno z większych torfowisk wysokich w Polsce – Kuriańskie Bagno.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200007 „Pojezierze Sejneńskie".
Obszar o powierzchni 13 631 ha leży na Pojezierzu Wschodniosuwalskim. W skład obszaru wchodzi 234 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. O wyjątkowej wartości przyrodniczej tego terenu świadczy występowanie rzadkich i zagrożonych ekosystemów wodnych, torfowiskowych i łąkowych oraz rzadkich gatunków zwierząt i roślin m.in. skalnica torfowiskowa (Saxifraga hirculus), sasanka otwarta (Pulsatilla patens) i lipiennik Loesela (Liparis loeselii).

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200016 „Dolina Szeszupy".
Obszar o powierzchni 1 701 ha zajmuje w głównej mierze siedliska rolnicze, ok. 10% stanowią lasy liściaste oraz w niewielkim stopniu lasy iglaste, lasy mieszane, siedliska łąkowe, torfowiska, bagna, młaki oraz wody śródlądowe. Obszar ma szczególną rolę dla ochrony trzech siedlisk wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Siedliskowej: torfowisk alkalicznych (7230), lasów łęgowych (91E0; występujących w rzadko spotykanej formie źródliskowych lasów olszowych - 91E0-4) i rzek włosienicznikowych (3260). W skład obszaru wchodzi 131 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200017 „Torfowiska Gór Sudawskich".
Obszar o powierzchni 99 ha, w skład którego wchodzi 6 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. Obszar składa się z siedmiu izolowanych przestrzennie fragmentów, stanowiących wyspy środowiskowe w bardzo urozmaiconym geomorfologicznie, ale jednocześnie rolniczym krajobrazie Gór Sudawskich. Każdy fragment obejmuje torfowisko wraz z najbliższym otoczeniem. Sześć torfowisk ma charakter torfowisk przejściowych z dominacją roślinności mszarnej. Jeden obiekt o odmiennym charakterze to kompleks źródliskowo - torfowiskowy koło miejscowości Rowele.

Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk Natura 2000 – PLH200022 „Dolina Górnej Rospudy".
Obszar o powierzchni 4 071 ha. W skład obszaru wchodzi 7 ha gruntów Nadleśnictwa Suwałki. Obszar obejmuje górny odcinek doliny rzeki Rospuda, o bardzo dużych walorach przyrodniczych i krajobrazowych, rozciągający się od granicy z województwem warmińsko-mazurskim po miejscowość Raczki. Cechuje się bardzo dużą różnorodnością siedlisk (14 typów siedlisk Natura 2000), tak wodnych i mokradłowych jak i leśnych, a także zajmowanych przez zbiorowiska trawiaste.